Puerto Morelos, cunoscut initial sub numele de Punta Corcho, are o istorie bogata care dateaza din perioada mayasa, cand era un popas pentru colectarea plutei. Infiintat oficial in 1936 si denumit dupa liderul independentei José Maria Morelos, orasul a evoluat de la un mic sat de pescari la un port-cheie pentru regiune. De-a lungul anilor, orasul s-a confruntat cu provocari, inclusiv uraganul devastator Beulah din 1967, dar a dat intotdeauna dovada de rezistenta.