Dovezile arheologice arata ca insula Phu Quoc a fost locuita acum aproximativ 2.500 de ani, fiind legat de civilizatia antica Oc Eo, una dintre cele mai vechi culturi comerciale din Asia de Sud-Est. Printre artefacte se numara unelte din piatra, ceramica si morminte antice, gasite in principal in nordul insulei. Dupa reformele din Đổi Mới din anii 1980, Phu Quoc a inceput modernizarea: Pescuitul si agricultura (piper si sos de peste) au ramas industrii cheie; Turismul a aparut rapid de la inceputul anilor 2000. Partea de nord a insulei Phu Quoc a fost recunoscuta ca Rezervatie a Biosferei UNESCO. 

In ianuarie 2025, Phu Quoc a devenit primul oras insular din Vietnam, iar mai tarziu, pe 16 iunie 2025, a fost desemnat una dintre noile zone administrative speciale ale tarii.