El Alamein are o clima desertica calda, tipica coastei de nord a Egiptului. Verile sunt lungi, uscate si foarte calde, cu temperaturi care depasesc adesea 30°C, in timp ce iernile sunt blande si placute, cu o medie de aproximativ 18–22°C. Datorita locatiei sale de coasta la Marea Mediterana, El Alamein se bucura de brize marine racoritoare care modereaza caldura, in special seara.