Vilnius are un climat continental umed, caracterizat de ierni reci si veri blande pana la calde. Iernile pot fi destul de reci, temperaturile scazand adesea sub nivelul de inghet si zapada frecventa. Verile sunt in general placute, cu temperaturi cuprinse intre 18°C si 25°C, desi valurile ocazionale de caldura pot impinge temperaturile mai ridicate. Orasul primeste o cantitate moderata de precipitatii pe tot parcursul anului, luna iulie fiind cea mai umeda.